冲绳附近海域,暮世正在“海之城”(人工建造巨大海上城市)旁石油开采平台工作。突然,海中一个类似蛇形的不明物体袭击海之城,巨大的人工岛沉入海中,大部分居民丧生,暮世的前妻和女儿(大约10岁)(人物设定为华人)所乘坐的观光潜艇被困在海底。全船只有他们两个人没事(只是昏倒),其他人不知死到哪里去了。追踪“大蛇”的自卫队潜艇放出新型海底救生潜艇“DSRV”观察躲在“海之城”水下“大蛇”的踪迹,被暮世通过海底监视器发现。暮世向自卫队发去信息,请求救援。自卫队高官眼见潜艇行踪暴露,只好同意派出“DSRV”参加救援工作。“DSRV”上装备了军方最新的机密装备“三维声纳成像仪”。